Новый опасный враг в виде смертельно опасных рептилий, возглавляемых Комодаем (ранее упоминавшийс как просто «Рептилия»). Во время схватки Комодай повредил кислотой бионические имплантаты Джакса, из-за чего тот потерял важный микрочип, без которого имплантаты не могут нормально функционировать. В результате этого, Джакс потерял уверенность в себе, а Соня возвращается на место битвы, чтобы найти пропавший чип, но её похищает Комодай. В это время...
Машина времени разошлась по полной – одних забросила в прошлое, других, наоборот, доставила в будущее. Придется разобраться, какая традиция древняя, а какая новая.